الفرق بين الانفجار والفاستا
انفجار مقابل فاستا
الانفجار والفاستا هما برنامجان يستخدمان لمقارنة تسلسل بيولوجي من الحمض النووي، والأحماض، والبروتينات والنوكليوتيدات من الأنواع المختلفة والبحث عن أوجه التشابه. تم كتابة هذه الخوارزميات مع الحفاظ على السرعة في الاعتبار لأنه كلما تضاعف بنك البيانات من تسلسل مرة واحدة تم عزل الحمض النووي في المختبر من قبل العلماء في منتصف 1980s هناك أثارت الحاجة للمقارنة وإيجاد الجينات متطابقة لمزيد من البحث بسرعة عالية. الانفجار هو اختصار لأداة البحث المحاذاة المحلية الأساسية ويستخدم نهج المترجمة في مقارنة تسلسلين. فاستا هو برنامج يعرف باسم A السريع حيث A تقف للجميع لأنه يعمل مع الأبجدية مثل سريع A لتسلسل الحمض النووي و P سريع للبروتين. كل من الانفجار وفاستا سريع جدا في مقارنة أي قاعدة بيانات الجينوم وبالتالي قابلة للحياة جدا مونيتاريلي وكذلك في توفير الوقت.
انفجار
وقد تم تطوير واحدة من الأكثر استخداما على نطاق واسع البرمجيات المعلوماتية الانفجار في عام 1990 ومنذ ذلك الحين كانت متاحة للجميع في موقع نسبي. هذا البرنامج يمكن الوصول إليها من قبل أي واحد ويمكن تعديلها وفقا لتلك الحاجة. الانفجار هو البرنامج الذي البيانات المدخلات من تسلسل ليتم مقارنتها في شكل فاستا ويمكن الحصول على بيانات الإخراج في نص عادي، هتمل أو شمل. يعمل الانفجار على مبدأ البحث عن أوجه التشابه المحلية بين تسلسلين وبعد قائمة قصيرة تسلسل مماثل يبحث عن أوجه التشابه حي. يبحث البرنامج عن عدد كبير من المناطق المحلية المشابهة ويعطي النتيجة بعد الوصول إلى قيمة العتبة. تختلف هذه العملية عن البرامج السابقة التي تم فيها البحث عن التسلسل الكامل ومقارنته التي استغرقت الكثير من الوقت. يستخدم الانفجار لأغراض كثيرة مثل رسم خرائط الحمض النووي، ومقارنة اثنين من الجينات متطابقة في الأنواع المختلفة، وخلق شجرة النشوء والتطور.
فاستا
كتب برنامج فاستا في عام 1985 لمقارنة تسلسل البروتين فقط ولكن تم تعديله لاحقا لإجراء عمليات بحث على الحمض النووي أيضا. يستخدم برنامج فاستا مبدأ إيجاد التشابه بين تسلسلين إحصائيا. هذا البرنامج يتطابق مع تسلسل واحد من الحمض النووي أو البروتين مع الآخر من خلال طريقة محاذاة تسلسل المحلية. وهو يبحث عن المنطقة المحلية للتشابه وليس أفضل تطابق بين تسلسلين. وبما أن هذا البرنامج يقارن أوجه التشابه المحلية في بعض الأحيان يمكن أن يأتي مع عدم تطابق. في تسلسل يأخذ فاستا جزءا صغيرا يعرف باسم k- توبلز حيث يمكن أن يكون توبل من 1 إلى 6 ويطابق مع k- تيبلز من تسلسل آخر ومرة واحدة يتم التوصل إلى قيمة عتبة من مطابقة أنه يأتي مع النتيجة. وهو البرنامج الذي يستخدم لقائمة مختصرة آفاق مطابقة تسلسل من عدد كبير للمقارنة الكاملة لأنها سريعة جدا.
|
باختصار: انفجار مقابل فاستا • الانفجار أسرع بكثير من فاستا. • الانفجار هو أكثر دقة من فاستا. • لتسلسل متطابقة بشكل وثيق الانفجار هو دقيق جدا وتسلسل غير متباينة فاستا هو أفضل البرمجيات. • يمكن تعديل الانفجار وفقا للحاجة ولكن لا يمكن تعديل الفاستا. • يجب أن يستخدم بلاست صيغة إدخال فاستا للحصول على بيانات الإخراج. • الانفجار هو أكثر تنوعا وأكثر استخداما من فاستا. |
